除了这些显性优势，徐坚还考量了清河的交通与物资供应条件――此处虽偏远，却毗邻京奉铁路支线的一个小站，这个小站规模极小，主要用于转运当地的农产品与药材，慈禧的稽查力量薄弱，便于秘密运输青霉素与交易物资（黄金、军火）；同时，清河镇周边有不少药材种植户，可大量采购普通药材，用于外围加工坊的伪装，既节省采购成本，又能避免因大量从外地采购药材而引起怀疑；此外，当地有现成的水井与水源，水质清澈，可满足青霉素生产的用水需求，无需从外地引水，进一步减少了外界的关注。更关键的是，清河镇距离天津租界不远，通过京奉铁路转运，只需半日便可抵达，便于与洋商进行秘密交易，且能避开慈禧掌控的漕运与陆路关卡，确保交易的隐秘性，让黄金与军火能安全、快速转运回清河。徐坚甚至提前探查了周边的逃生路线，一旦清河的秘密被慈禧或洋人发现，可通过树林、小路快速撤离，前往昌平、延庆一带，依托山地地形坚守，为自己争取喘息之机――这份周全的考量，早已超出了“督办御药局”的范畴。
“皇上，此处便是咱们选定的地方。”小福子躬身上前，低声禀报，语气中带着几分笃定，“外围那片矮房可改造成普通药材加工坊，作为掩护，雇佣当地旗人妇女与老弱处理甘草、当归等普通药材，既能掩人耳目，又能解决当地百姓的生计，赢得民心；中间的三层旧碉楼最为隐蔽，墙体厚实，易守难攻，我们可将内部改造为三层，底层作为原料储存与清洗区，中层作为菌株培养与提炼区，顶层作为成品封装与储存区，每一层都设置单独的出入口，专人负责，互不干涉；西侧的旧校场，目前可先安排护厂人员巡逻值守，待日后资金、军火积累充足，再逐步修整，周边的废弃营房可先闲置，或改造成临时仓库，存放普通药材与杂物，外人绝不会起疑。”
徐坚微微颔首，缓步走向那座废弃碉楼，指尖抚过斑驳的墙体。
核心生产车间（碉楼）内部，他要求用厚布与木板隔出独立的隔间，菌株培养、原料清洗、提炼、封装等工序，分区域进行，每一道工序都由专人负责，工匠之间不得相互交流工作内容，不得随意走动，甚至不得在车间内交谈与生产无关的话题；小福子则负责全程监督，每日清点车间内的原料与成品，核对工序流程，一旦发现异常，立刻处置，绝不姑息，从内部杜绝泄密可能。
为了进一步杜绝泄密，徐坚还对青霉素的生产原料与工艺，进行了严格的管控。生产青霉素所需的菌株，是他通过原始青霉素的诱变获得，此时空仅此一只，由他亲自保管，每次使用时，亲自前往地窖取出，交给负责菌株培养的工匠，使用完毕后，剩余菌株立即封存，由他亲自带回地窖，全程不让其他任何人接触；提炼所需的溶剂与器材，也是通过小柱子联系洋行或者海外亲信，从海外分批采购，借着“采购药材加工器材”的名义，秘密运至清河，藏在地窖中，使用时按需领取，使用完毕后，统一清洗、封存，绝不随意丢弃。更重要的是，徐坚亲自拟定生产流程，结合自己的知识，指导工匠改进提炼工艺――早年的青霉素提炼工艺简陋，产量低、纯度差，且不易储存，徐坚根据所学，指导工匠改进发酵条件，控制温度与湿度，采用分层提炼法，提高青霉素的产量与纯度；同时，他还指导工匠制作特制的密封容器，用于储存青霉素成品，延长储存时间，便于运输与交易，确保每一批青霉素都能顺利交付洋商。
青霉素的生产，不仅要保密，还要实现批量生产――这味“神药”是他与洋商交易的唯一资本，是他换取工业设备、先进武器与黄金的核心筹码，唯有批量生产，才能快速积累足够的资金与军火，才能为日后开设军校、练兵打下坚实基础，才能有底气与慈禧抗衡。因此，在生产筹备上，他耗费了大量的心血，早已暗中从华侨手中购得简易的提炼设备，包括发酵罐、过滤器、蒸馏装置等，这些设备体积不大，便于拆分运输，将设备分批运至清河，藏在旧营房的地窖中，待碉楼改造完成后，再秘密安装调试。同时，他还派人暗中寻访各地的能工巧匠，招募了十余名手艺精湛、身家清白的工匠，负责外围的设备维护与普通药材加工，这些工匠虽不接触核心生产环节，却也要经过严格的筛选，签订保密协议，一旦泄露御药局的任何情况，便会被立即处置，确保整个生产环节的隐秘性。
在生产管理上，徐坚制定了严格的作息与管理制度，核心生产车间的工匠，每日清晨进入碉楼，夜间才能离开，期间不得与外界接触，饮食由崔玉恒亲自安排，统一配送至车间内；外围的药材加工坊，每日正常开工，按照普通药材的加工流程操作，炊烟袅袅、人声鼎沸，打造出一派“安分生产”的假象，迷惑外界的窥探者。同时，徐坚还要求，每日生产的青霉素成品，必须立即封装，藏入地窖的秘密仓库，由他亲自核对数量、登记造册，每一批成品的流向，都要有详细的记录，确保不出现任何遗漏与泄露；生产过程中产生的废料，也不能随意丢弃，而是由专人负责收集，在夜间运至远处的树林中焚烧，彻底销毁，避免留下任何痕迹，被外人察觉异常，影响资金与军火的积累计划。
徐坚深知，青霉素的生产，离不开稳定的原料供应与设备维护，因此他提前做好了长远规划――与清河镇周边的药材种植户签订长期协议，大量采购普通药材，用于外围加工坊的伪装，同时暗中采购生产青霉素所需的辅助原料，确保原料供应稳定，保障生产不中断；安排专人负责设备维护，定期对提炼设备进行检查、清洗与调试，避免因设备故障影响生产，确保青霉素能持续批量生产，持续与洋商交易；同时，他还指导工匠研究设备的仿制方法，试图通过自己的力量，仿制提炼设备，摆脱对海外的依赖，一旦与洋人的交易出现变故，也能保证青霉素的正常生产，不至于陷入被动，确保资金与军火的积累不中断。
运输与售卖的环节，徐坚更是慎之又慎，每一步都经过反复推敲，核心目的就是为了确保青霉素能顺利交付洋商，黄金与军火能安全运回清河，避开慈禧掌控的所有关卡与漕运路线，依托京奉铁路支线，制定了周密的秘密运输方案。他与慈禧约定的是账本与销售都交予有司审核。但清朝吏治腐败无能，更何况谁敢大肆查他这个皇帝！报多报少，都由他说了算！