军事上，蒋介石主要考虑两个问题，一是台湾本身的安全问题，他决心依靠占优势的海空军“保卫”台湾，苦撑待变，依赖国际形势变化。二是为了有充分时间退守台湾，尽量延长在大陆时间，特别是对台湾相邻各省，更是以亲信把守，防止成为进攻台湾的跳板。
蒋介石确定：立足台湾、闽粤，控制两广，开辟川滇，以舟山、马祖、金门、澎湖一线为前哨，使之成为“反攻复国”之桥梁，确定今后以台湾防务为第一。10
月和
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月，解放军进攻金门和登步岛相继失利。解放军暂时停止了对台湾的攻击。蒋介石至此已基本上从政治、军事、政治上做好了“中央政府搬迁台湾”的准备。
而毛人凤的保密局，也已经将全部财物、机要、档案、人事及指挥机构等，均移往台北。但是为了应付李宗仁代总统，毛人凤还特意向国防部辞去局长职务，由徐志道继任，专门负责跟李、白新桂系的“中央”打交道，这个“徐记保密局”编制为
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人，机构只有业务、总务两个处。
毛人凤从公开转入地下后，率保密局的大批人马前往上海，他住进毛森公馆，另外在南京路
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号设立了上海办事处，由郭旭当主任，继续指挥保密局各公开单位，尤其是监视着徐记假保密局的工作。
作为国民党内最大的地方势力，桂系一直是蒋介石所要打击和排挤的对象。这就注定了军统、中统在历史上与桂系仇隙颇深。在国民党内历次斗争中，桂系也一贯把蒋的特务系统当作攻击的对象。军统改组为保密局后，毛人凤出任局长，为改变戴笠时期树敌过多的路线，他曾一度有意与桂系三巨头李宗仁、白崇禧、黄绍竑等缓和关系，但桂系并不领情，所以保密局与桂系的关系仍处于紧张状态。桂系掌握大权后，毛人凤忧心保密局的日子以后不会好过。而使他更为担心的是，由保密局不久前策划暗杀李宗仁的阴谋万一曝了光，恐怕就连他的性命也难以保住。
这次毛人凤让同桂系交好的副局长徐志道去同李宗仁、白崇禧打交道，却又害怕徐志道拾级而上，越过他，倚靠桂系的势力有所发展，这就得不偿失了。
所以在正式宣布辞职之前，毛人凤首先通过亲信对保密局各地方组织发布命令，在任何情况下，保密局人员只能服从他的命令。接着，他召来了副局长徐志道和福建站站长林超，向他们通告自己准备辞职的消息，并决定由他们分别接任正副局长。他交给徐志道一份事先准备好的名单，说明是保密局应李宗仁提出的局本部南迁广州的要求赴广州之人员名册。
徐志道突遭升迁，正在琢磨其中的内涵，看了这份名单后便恍然大悟。原来，那份名单上所列的
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个人，全是局内的一般文职人员，并无一个外勤人员和组织，是用来装点门面糊弄李宗仁的。不仅如此，即使对这个假保密局，毛人凤也还保留了一手。为牵制徐、林二人，他委任自己的亲信涂寿眉担任新的局本部主任秘书，下面只设业务、总务两个处。总务处长由徐志道的亲戚钮殿臣担任，业务处则由毛人凤的旧将黄逸公出掌。一切仍在毛的控制之中。
设置好假保密局的伪装，毛人凤又着手处理由他控制的真保密局的善后工作。他首先命令亲信、局长办公室主任潘其武将重要档案和文件封存好，派专人送往台湾。同时，着手将保密局本部大部人员及机构分批由南京撤往上海，并在上海成立一个办事处，以此名义继续指挥各地保密局外勤组织的活动。上海办事处实际上成为真正的保密局指挥中枢。等到上海办事处布置完成，毛人凤才正式向李宗仁辞职，并由徐志道接任局长。
为防止李宗仁追查保密局档案资料的下落，毛人凤又一手策划了焚烧南京洪公祠
1号局本部大楼的计划，这座抗战胜利后新建的保密局大楼便在一场烈火中化为灰烬，同时保密局所有的档案就此“失踪”。李代总统得到的只是新局长徐志道交来的他所辖下的保密局名册。
毛人凤辞职后便赶赴上海，为了避人耳目，他把手下原来的八大处机构全部降格为组。
蒋介石又向他发来指示：如李宗仁以势相追，强令解散上海办事处，则可酌情缩小编制，并更名为“中国革命青年同志会”，使之成为一个短小精悍的团体，继续进行活动。
毛氏保密局和徐氏保密局，一真一假，本来是蒋介石耍的一个手腕，孰料却由此引发了一场真假保密局大战。
李宗仁担任代总统后，立即发出了第一号令：即日起着手释放张学良、杨虎城和一切在押的政治犯。广播播出，李代总统声称，为了表达对国共两党和谈的诚意，他将派专机前往张、杨二人的囚禁地，迎接二人共商国是。
这个消息让蒋介石大为恼火，他命令毛人凤提高警惕，不许让李宗仁代他去做这个好人，更不能让李宗仁和共产党有更加亲密的接触。
毛人凤在上海接到从台北转发过来的徐远举的电报，做出指示：“适当释放少许中共在押人员，以缓各方舆情。杨虎城没有总裁指示，不得释放，可由周养浩移送贵州暂避风声……”
接下来，便有各报记者登门采访重庆市长杨森，问他何时放人？杨森声称自己没有接到命令，就是接到命令，他也不知道去哪里放人。于是，舆论大哗，声称代总统的命令，犹如一纸空文。李宗仁要维护权威，打电报责问杨森。杨森回电说，关人的事，归保密局管，该找保密局要人。李宗仁立即把徐志道召去。徐志道装傻说：“我也不清楚，毛局长当初只把
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