大西军攻克定番、肃清贵州境内明廷残余武装后，贵阳城内终于迎来了久违的平静。曾经因战乱而紧闭的城门缓缓敞开，街道上虽仍有几分萧条，却已不复此前清军追击时的慌乱。孙可望身着铠甲，立于贵阳城头，望着麾下将士有条不紊地巡逻、布防，心中清楚，这是大西军自张献忠牺牲后，真正意义上获得的一块安稳立足之地，休整与革新，刻不容缓。

占领贵阳的次日清晨，孙可望便在原贵州布政司衙署召开军事会议，艾能奇、李定国等核心将领悉数到场。“我军此前颠沛流离，全凭将士死战才得以立足黔地，若想长久发展，必先整肃军纪、革新内政。”

孙可望的声音铿锵有力，目光扫过在场众人，“自今日起，全军推行三项新规：其一，重申‘非接斗不得杀人’令，凡有扰民、劫掠百姓者，无论官职高低，立斩不赦；其二，设立粮秣司，负责统筹贵州各地粮草征集，严禁强征强夺，需与百姓公平交易，以银钱或物资兑换；其三，开设伤病营，选拔军中懂医术者照料伤员，同时安抚阵亡将士家属，发放抚恤金，稳定军心。”

新规颁布后，孙可望亲自带人巡查贵阳城及周边村镇。在城郊的一个村落，他看到几名士兵正与村民商议用布匹兑换粮食，村民脸上露出笑容，不再有往日对军队的恐惧。而在另一处，一名士兵因抢夺村民鸡禽，被巡查队当场抓获，孙可望毫不留情，下令在军营前当众处决，以儆效尤。这一举动让全军上下震动，将士们越发明白军纪的严肃性，军队与百姓的关系也逐渐缓和，不少此前因战乱逃亡的村民，开始陆续返回故土。

与此同时，孙可望还着手整顿内部管理体系。他废除了张献忠时期部分过于严苛且混乱的制度，参照明廷官制，结合军中实际情况，设立了吏、户、兵、刑、工五科，分别负责官员任免、粮草财务、军事训练、司法审判和工程建设。为充实官员队伍，他不仅提拔军中表现优异的将士，还吸纳贵州当地有学识、有声望的士人加入，其中就包括曾拒绝为明廷效力的贵阳儒生周文彬。周文彬起初对大西军心存疑虑，但见孙可望真心治理贵州、善待百姓，最终决定出山，担任户科主事，协助统筹粮草事宜。

就在大西军全力整顿内部时，外部局势仍暗藏危机。清肃亲王豪格率领的清军虽暂时停止了追击，但并未撤离四川，而是在重庆、成都等地驻军，虎视眈眈，随时可能再次南下；而在贵州南部，明廷残余势力与当地土司勾结，形成了一股不小的反抗力量，他们盘踞在都匀、独山一带，时常袭扰大西军的粮道；此外，云南的局势也不明朗，当时云南由土司沙定洲掌控，他表面上保持中立，实则暗中观察各方势力，企图坐收渔利。

为应对这些潜在威胁，孙可望派遣李定国率领一支精锐部队前往贵州南部，清剿明廷残余势力与土司武装。李定国治军严明，且善于用兵，他采取

“恩威并施”

的策略：对于顽固抵抗的武装，坚决剿灭；对于愿意归降的土司，则保留其部分权力，让其继续管理地方事务，但需向大西军缴纳粮税、配合军事行动。在进攻都匀时，当地土司蒙得功率领数千人负隅顽抗，李定国先是派人送去劝降信，阐明利害，蒙得功拒不接受后，李定国亲自率军发起猛攻，不到一日便攻破都匀城，蒙得功被俘。令人意外的是，李定国并未处死蒙得功，而是晓以大义，告诉他若能归顺，可继续管理都匀周边土司事务，为大西军镇守南部边境。蒙得功见李定国诚意满满，且深知大西军实力，最终选择归降。此后，在蒙得功的带动下，贵州南部多个土司相继归顺，粮道得以畅通，南部边境趋于稳定。

针对清军的威胁，孙可望则采取